Inaugurato nel 1936, il Museo conserva manoscritti, testi a stampa, strumenti scientifici preparati anatomici e naturalistici che costituiscono una testimonianza della storia dell’Ateneo a partire dalle sue origini medievali.
Il Museo conserva anche un archivio che copre un arco cronologico dall’inizio del XV al XX sec. La documentazione, particolarmente interessante per quanto riguarda la storia della medicina, costituisce una importante integrazione di quanto conservato all’Archivio di Stato di Pavia (antico archivio dell’Università) e all’Archivio storico dell’Università.