L’Archivio di Stato di Pisa fu istituito dal Governo provvisorio della Toscana  con decreto del 22 febbraio 1860 per volontà di Francesco Bonaini  allora soprintendente agli archivi della Toscana. Egli riteneva che Pisa , annoverata tra le più celebri  Repubbliche marinare italiane, meritasse di essere dotata di un Archivio di Stato dove si potesse concentrare il rilevante patrimonio documentario allora suddiviso fra varie istituzioni e uffici cittadini.
Nel decreto di  istituzione venne affermato con decisione che il decoro e beneficio di un Archivio di Stato non poteva negarsi a Pisa, “città di grandi memorie e grandi monumenti” e sede  della “principale Università Toscana”. Il 4 giugno 1865 l’Archivio di stato di Pisa fu ufficialmente inaugurato .
Attualmente l’Archivio di Stato di Pisa è dislocato in due diversi edifici di notevole pregio architettonico: Palazzo Toscanelli, già Lanfranchi , collocato sul suggestivo Lungarno Mediceo e sede principale e le Logge dei Banchi