L’archivio del Museo teatrale alla Scala nasce con il Museo stesso, nel 1913. Tutto il materiale d’archivio, ricchissimo ed importantissimo, comprende 2.255 bozzetti, 6.959 figurini, 3.000 locandine teatrali, 6.000 libretti d’opera, 10.300 lettere autografe di attori, registi, compositori e cantanti, 30 manoscritti musicali di opere complete e 300 fogli musicali sparsi, 7.000 fotografie e oltre 10.000 incisioni. 
Tra i gioielli indubbiamente il manoscritto della Messa da Requiem e numerose pagine minori di Verdi, il Tancredi di Rossini, una pagina dal secondo quartetto op. 18 di Beethoven, un breve inciso di Mozart, il testamento olografo di Paganini. Tra le collezioni iconografiche, il corpus dei bozzetti di Giacomo Balla per il balletto romano su musica di Igor Stravinsky Feu d’artifice e i bozzetti di Enrico Prampolini per Il mandarino meraviglioso di Béla Bartók, oltre agli album dei fratelli Galliari e di Alessandro Sanquirico.