Presso la sede dell’Istituzione insieme alla biblioteca costituita da oltre 27.000 volumi, è depositato e custodito l'archivio storico manoscritto, recentemente riordinato grazie a un finanziamento di Regione Lombardia. L’Archivio comprende: Fondo Butturini-Grisetti (XIV-XIX sec.); Fondo Rodolfi (XVI-XIX sec.); Fondo Girardi (XVIII-XIX sec.). Nell’archivio è presente anche il Fondo Giuseppe Brunati che raccoglie la documentazione relativa all'attività di ricerca dello studioso (1813-1855). Recente ingresso è il Fondo Dubbini composto da planimetrie e fotografie aeree relative al progetto di una variante della strada gardesana risalente alla seconda metà del 900. In custodia è presente il Fondo Duse, medico curante di D’Annunzio, con importanti autografi del poeta.
I diversi fondi costituiscono un unicum storico-storiografico per l’intero bacino gardesano, unitamente al Fondo Benacense dell'archeologo G.P. Brogiolo (carte topografiche, rilievi, schede repertoriali, fotografie).